中医理论是从人对自身乃至宇宙万物的生命及其能量流动的深刻体验出发的，中医治病的原理就是调整人身的能量动态使之归于平衡的常态，中医的一切理论都是围绕这种能量状态的消长变化展开的，理法方药莫不如此。如果偏离了这种观察思考的角度，处方用药必将变得毫无方向。所以中医学是以理论为第一要义的，经验只是在理论指导下的实践的积累。离开了中医的基本理论，即使用中药治病，也只能是简单的经验医学，不能归入中医纯粹的辨证施治体系了。

    西医是随着解剖学与化学的发展产生并发展起来的，由于起点远离了直接的生命体验，导致了其认识论与方法论的机械主义倾向。一般来说，西医是把人体当作一部机器对待的，西医的治疗方法除了作用于诸大系统的内科化学疗法外，外科的方法更像是木匠或裁缝工作。这样就忽略了作为一个生命体的个人的生命力的能量存在状态，及其作用于人的直接或即发性病理状态。由于其认识论与方法论的局限，导致了西医治疗学体系的重大缺陷——无法正确诊断能量状态的非常态客观存在。

    这些现象从本质上来说都是由于其认识论与方法论的先天缺陷造成的，中医的认识论与方法论的客观实在性与可验证性，证实了中医理论针对疾病治疗的正确性的同时，也从客观上弥补了西医方法论上的这种先天不足。可惜绝大多数自以为很了解西医很相信科学的明白人并不能清醒地认识到这一点，他们熟视无睹或有意回避其局限性，科学在他们的头脑中已经图腾为一种拜物教似的迷信。

    中医治病是以十全（100%)为最终目的的，但由于客观因素的局限，能够达到十全的上工寥寥无几。西医是以十全六七(60%-70%)为目的的，只要整体上达到这样的有效率就算成功。

　　中医自古就是以个体行医的，治疗对象也是个体，不会等到凑全人数才开始治疗。西医是以群体行医，治疗是分组进行的，实际上同时是在拿患者作实验。中医的标准是上工，真正达标的医生很少。西医是以下工为标准，只要能够与整体相应就算合格。

　　中医是在进行治疗，西医是在进行实验。因为大多数中医不能真正代表中医，所以中西医之间其实一直没有机会进行真正的整体比较。个案相比，西医明显不敌，治疗结果相差悬殊。整体对比，中医又似乎处于劣势，统计结果无法验证。

　　从经营上看，中医是个体经营，西医是集体经营。中医是小农生产方式，西医是工业生产方式。两者的结果表现在规模与效果上（如所造成的污染）存在差异，两种结果的区别在于，前种方式更能够对作为个体的患者有利，后种方式更能够对作为集体的医生有利。所以，从治疗的效果看，中医是胜利者，而从经营的结果上看，西医是胜利者。其区别的本质表现在目的性上是，一个是以服务为根本目的，一个是以盈利为根本目的。一个是福利性质的，一个是商业性质的（至少目前在国内是这样表现的）。

　　但这些其实还不是最根本的区别，二者最根本的区别在于，真正能代表两种医学的治疗结果（权威的水平）的疗效的性质，即标本的差别，也即预后的情况。是真正的治愈了，还是只是掩盖一时，比如激素的短期效果与后期副作用。这种区别才是两种医学理论所指导下的医学实践的本质区别，而不是人为造成的错误之间的区别。